按照性质，南京初中可分为公办校和民办校。公办校招生方式主要通过：学区直升、电脑派位、自主招生、特长生、划片入学（老秦淮）；民办校招生方式主要通过自主招生、电脑派位、小学直升。
（一）学区直升
学区直升，面向本学区学生。
义务教育阶段，为保证每个孩子都有学上，实行免试就近入学，由jy统筹调配义务教育资源，划定公办校的施教区，施教区内的学生接受jiaoyubumen安排，进入对应公办校。根据户籍审定情况，学校下发《公办初中学校义务教育学位派位通知单》，规定报道日期。
学区（施教区）一律以官方发布为准，每年变化不大。
（二）电脑派位
电脑派位，又称摇号，一种随机录取方式。为了均衡教育资源的公平分配。每年热点公办校，民办校都会拿出一些学位向区内或者全市的同学开放。每位同学可以根据自己的情况填报一所学校，当报名人数超出学校计划招生人数时，通过电脑产生入选名额。参与电脑派位的学校，分别为南外、民办校、热点公办校。
各区电脑派位范围、派位计划以每年发布的《电脑派位招生计划表》为准。
志愿填报流程：
1、家长填写：家长按要求填报志愿表完毕后交回学校（注：在南外、民办校、热点公办校内，选择一所进行填报）；
2、学校核对：学校组织专人核对学生志愿表中的身份证号，保证与其户口簿（户籍证明）上身份证号完全一致；
3、学校录入：学校使用统一录入程序将学生的志愿信息输入电脑，并打印出一式上下两联志愿核对表；
4、家长核对：家长核对打印出的志愿核对表，确定无误后签字，交一份给学校，另一份本人留存。
派位日程安排：
6月10日、11日，小学毕业生填报电脑派位志愿；
6月23日，南外、民办学校、区内热点公办初中统一进行电脑派位；
6月24日，登录南京招生信息网查询电脑派位结果。
参与派位学校：南外（全市）、民办（全市或本区）、热点公办校（本区）
填报考虑因素：学校优势、派位范围、派位计划、收费标准、路途远近
（三）自主招生
自主招生，是学校对于学生选择的过程，在这一块学校拥有相当大的自主权限，也是每年六年级同学最关注的升学方式。民办校每年都有80%的生源是通过自主招生产生的。而公办校自主招生的比例不超过20%，且逐年减少。
2015年，南京部分公办校未收取简历。
2016年，《意见》要求，继续推行热点学校空余名额电脑派位，对公办校自主招生名额严格控制，而民办校电脑派位和自主招生比例保持为2：8。
2017年，部分公办校收取简历，然而自主招生人数非常少，而且基本集中在本区内。
2018年，部分公办校依旧采取收取简历，部分学校会采取面测的方式，但是录取人数不多。