对于跨区，主要针对的是户籍和学籍分离的学生，默认为学籍。例如某同学学籍是福田的，户籍是宝安的，那么默认的派位对应地区为福田区。如果孩子想参加宝安区的考试，那么比必须办理跨区手续。
跨区手续的办理每年在4月中旬（例如：福田区2007年为4月19之前，宝安区2007年为4月20日之前）的某几天，向所在的小学提出申请，所在的小学会统一提交的小学所在区教委，家长在5月中旬携带"深圳市市初中入学登记表"交准备跨入的区、县教委。
如果孩子是跨区回到户籍所在地或随父母迁入的新住址所在地，这些手续办理起来会非常流畅。